在清朝官場體系中，總督和巡撫都是位高權重的封疆大吏，然而二者存在諸多區別。從職權范圍來講，總督一般管一省或數省的軍事、行政等事務，側重于軍事統籌與跨區域協調；巡撫則主要掌管一省民政、司法等，更專注省內治理。在品級上，總督通常為正二品，加兵部尚書銜后為從一品；巡撫一般是從二品，加兵部侍郎銜為正二品。二者雖都有監察之權，但總督側重于對巡撫及以下官員的監督，而巡撫在本省的監察作用更直接。這些差異反映了清朝精密的官僚體系架構。
中國的封建社會到了清朝，已經是到了最后一個朝代，封建中央集權的統治也達到了頂峰。在這一時期，有一個詞會經常出現，那就是“封疆大吏”。那么真正可以稱得上封疆大吏是什么官員呢？答案就是總督和巡撫。
說起總督和巡撫，可真是一對歡喜冤家。為什么這么說呢？在清朝，總督一般掌管一省或者二三省的軍政、民政、經濟等等轄區內的一切大權，官階為正二品，加兵部尚書銜為從一品。而巡撫呢，相對于總督要稍稍遜色一些。基本上就是掌管一省的軍事政治經濟民政大權。巡撫的官階為從二品，加兵部侍郎銜高配為正二品。
不過，別看巡撫的品級沒有總督高，可二者卻是互不統屬的關系。總督和巡撫都有向最高統治者皇帝直奏和密陳的權力，也就是說如果總督巡撫相互之間對對方的做法不滿意或者不贊同，都是可以直接一道密折參對方的。總督與巡撫的同時存在，其實也是統治者為了制衡二者權力的結果。
那么總督和巡撫到底有著怎樣的區別呢？剛才說過了，第一個就是品級不同。總督一般從一品，巡撫一般正二品。從中可以看出，總督的地位是要高于巡撫的，而且一般而言，總督多數也是由巡撫擢升而來，也就是說巡撫想要更進一步，基本上下一步就是總督了。當然也有六部正職的堂官平調或者副職擢升總督的，這就屬于官員的正常流動了。這里糾正一下，總督和巡撫嚴格來說不算地方官，而是帶有派出性質，這也是清統治者加強中央集權的需要。
第二個不同就是數量不同。清朝統共有九大總督，分別是東三省總督、直隸總督、兩江總督、兩廣總督、閩浙總督、湖廣總督、陜甘總督、四川總督、云貴總督。其中，東三省總督設立最晚，光緒晚年才設立，到權力地位卻是最高的。這九大總督也是清朝時期地方上的最高行政長官。
而清朝巡撫的設置數量則與當時劃分行省的數量有著很大的關系。當然，在清朝的初創期，巡撫的管理轄區與行省區劃并不完全一致，這一點直到雍正時期才得以吻合。在康熙年間，基本形成了18行省的總體格局，但巡撫的數量由于一些省份如直隸不設巡撫只有15位。
第三個不同就是管轄范圍不同。雖然同為封疆大吏，但總督一般會相關兩個省甚至多個省的軍政民大權，而巡撫一般只掌管一個省。雖然管理的轄區范圍大小不同，但很多時候二者還是會有權力重疊的區域。我舉個例子，比如兩江總督，兩江這個區域是由江南省（后來拆分為江蘇省和安徽省)和江西省組成，那么江南省和江西省的巡撫，名義上是兩江總督的下屬，卻各自對自己所轄區域有著說一不二的權力，這在一定程度上制衡了總督的權力，這是統治者的有意安排。
第四個不同就是權力的側重點不同。雖然總督和巡撫對轄區有著統掌一切的大權，但俗話說再牛的人也別想包打天下。所以二者在權力上還是各有側重的。我們看總督的別稱為制臺或者制軍，很明顯總督更偏向于軍事。其實這也不難理解，比如說三國時期的大都督本身就是軍事長官。而巡撫的別稱為中丞或者撫臺，在權限上更偏向于民政，從稱呼上看更像是文官。一個撫字，就說明了，是對地方的民眾經濟等等民政的管理。
但不管怎么樣，總督和巡撫都是封建統治者加強中央集權的產物，二者的互相制衡也是出于加強統治的考量。
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